由廣州海路北上要經過香港，港督卜力與孫中山對 “孫李合作”實現“兩廣獨立”仍未完全放棄希望，還想借此作最后努力。卜力起初甚至想將李強行扣留，由于英國政府的堅決反對才作罷。李鴻章在香港上岸時，港府還是準備了盛大的儀仗隊，并鳴禮炮17響，以示尊重。而在此前一天，孫中山已乘船來到香港海面，不放棄與李會面的可能。港英當局通知孫中山，由于幾年前應中國政府要求對他的驅逐令尚未期滿，所以不準他上岸，但如果李鴻章同意“兩廣獨立”，即允其上岸與李會談。在船上，孫中山仍是“兩手準備”，一面等待卜力與李鴻章的會談結果，一面籌劃惠州起義。

卜力給英國殖民大臣張伯倫的報告說，他與李鴻章見面后，再三對李決定離粵北上表示遺憾，甚至勸他說這個任命是由極端保守、首先提出進攻使館的端王載漪簽署的，暗含此令有頑固派官員誘李北上而害之之意。李鴻章則反駁說，此令并非端王簽署，確是太后和皇上簽署的。卜力一再強調他對廣東、香港穩定的重要，力勸他不要輕易北上，但都為李鴻章婉言拒絕。相反，李不僅根本不提與孫中山的合作，反而強調香港總督應禁止顛覆分子以香港為基地，強調威脅粵港安定局面的主要因素是香港的“三合會”和其他危險人物，矛頭明顯指向孫中山。隨后的談話表明，李鴻章此時更為關注的并非粵港，而是國家未來面對的局面。此時德國駐華公使克林德已被殺，義和團與清軍正在攻打各國駐華使館。李鴻章顯然意識到，如果攻下各國使館，對清王朝來說結果將是災難性的。所以他對卜力說，如果只有德國公使被殺，列強就無權決定由誰來當皇帝；但是，如果所有公使都被殺害，情況就不一樣，列強這才可合法干預，決定誰當皇帝。他進一步問道，如果發生這種情況，列強將選擇誰。卜力答道，列強“大概會征詢他們所能找到的中國最強有力的人意見，看怎樣做最好”。李緊接著說，不管太后有什么過錯，她“無疑是中國最有能力的統治者”。然而，英國的殖民部卻據此認為李鴻章本人“不是不樂意當皇帝”。這種推測究竟有多大的準確性著實可疑，很可能更多地反映了大英帝國希望李鴻章能當皇帝的潛在愿望。

在會談中，李鴻章還請求聯軍占領北京后一定要寬宏大量，不要采取報復措施。他告誡卜力說，報復只會激起中國人更普遍的仇外情緒。

總之，此番會談表明，李鴻章現在已毫無與孫合作、實現“兩廣獨立”之意。但孫中山的助手、興中會領導人之一陳少白仍不死心，還是登上了李鴻章的坐輪，企圖讓隨李而行、也非常熱衷此事的劉學詢能再三勸說李鴻章改變主意，但劉無奈地對陳說，李鴻章“意甚堅決，無法勸阻”。至此，孫李合作、“兩廣獨立”的計劃宣告結束。

李鴻章雖然“官復原職”，好不得意，但對朝局仍不樂觀，他深知，此時此刻必須慎之再慎，走錯一步將滿盤皆輸，很可能難保性命，因此決定還是按以前計劃先到上海，等待局勢進一步明朗。所以7月21日到達上海后，他便以健康為由要慈禧賞假20日。這時，慈禧太后明顯亂了方寸，政策非常矛盾。她一方面急盼李鴻章前來與洋人打交道，有求和之意，另一方面仍重用極端主戰的頑固派大臣，態度似乎更趨強硬；7月28日，她將反對與列強盲目開戰的大臣許景澄、袁昶處死，8月7日，卻正式任命李鴻章為全權大臣負責與各國外交部電商“停戰”。8月11日，又將反對開戰的大臣徐用儀、立山、聯元處死。五大臣被處死，中外震驚，李鴻章在上海得此消息不禁哀嘆“成何世界”！很可能，他為自己沒有貿然北上感到慶幸，此時更明確表示哪怕被朝廷“嚴譴”，也不能北行。他在給朝廷的密折中明言了對朝政、對自己有可能被義和團和政敵打殺的擔憂：“每讀詔書，則國是未定，認賊作子，則人心未安。而臣客寄江南，手無一兵一旅，即使奔命赴闕，道途險阻，徒為亂臣賊子作菹醢之資，是以小作盤桓”。所謂“菹醢”，是指被剁成肉醬。所以有同僚對他正式被任命為議和全權大臣表示祝賀時，他卻十分淡然。他深知政治講究的是實力而不是名分，如果朝廷政治格局不變、慈禧態度無根本性變化，自己其實只有全權之名而并無實權。此時，他不顧“龍顏”有可能“大怒”，多次遞折要求慈禧徹底改變態度；一再向慈禧施壓，要求一定要將外國駐華使節平安送出京城并且剿滅義和團，他還斗膽要朝廷下“罪己之詔”。當然，他絲毫沒有反對慈禧之念，當有外國外交官對他透露各國公使有讓慈禧歸政光緒的打算時，他斷然反對，并為慈禧開脫辯護：“太后訓政兩朝，削平大難，臣民愛戴，此次拳匪發難，只恐禍起腋肘，不得已徐圖挽救”。

此時慈禧自顧不暇，鞭長莫及，所以李鴻章一直在上海 “小作盤桓”，他在等待局面的根本性變化。8月15日，八國聯軍攻占北京，慈禧倉皇出逃；8月20日，朝廷以光緒皇帝名義發布“罪己詔”；9月7日，朝廷發布剿滅義和團的諭旨，反而誣稱義和團“實為肇禍之由”，“非痛加鏟除不可”；9月8日，朝廷電旨再次表示“罪在朕躬，悔何可及”，幾乎是央求李鴻章“即日進京，會商各使，迅速開議”，甚至低三下四宣示李鴻章此行“不特安危系之，抑且存亡系之，旋乾轉坤，匪異人任。勉為其難，所厚望焉。”朝廷竟然公開承認大清王朝此時的生死存亡全賴李某一人，想來也是萬般無奈。此時，李鴻章才認為北上 “議和”時機成熟，于9月15日離開上海北上，開始為挽救已經病入膏肓的清王朝作最后的努力。作為晚清重臣長達40年之久的他，很難做出別的選擇。他的命運，已很難與這個腐朽不堪的王朝分開了。

總之，從1900年1月中旬李鴻章東山再起，到廣東任兩廣總督，到9月中旬重任直隸總督兼北洋大臣的8個月間，政壇風云劇變，充滿驚濤駭浪。李鴻章身處政治的風口浪尖，種種無比尖銳的矛盾集其一身，稍有差池則大禍臨頭。在這短短幾個月間，康有為、梁啟超的祖墳為他所掘卻仍能諒解他，孫中山為反清革命一再策反他，港督卜力想穩定粵港局面竭力挽留他，慈禧要與列強“和談”自保最終也不能不完全依靠他。彼此不共戴天的各種政治力量在關鍵時刻竟都對他抱有某種期望，都如此看重他，而他也能周旋其間，應付裕如，足見其對“政治”、權謀的把握可謂“爐火純青”。